Le scénario de Call of Duty Black Ops est centré sur la programmation mentale d'Alex Mason par Nikita Dragovitch. Une programmation enrayée par Viktor Reznov afin d'éviter au monde une Troisième Guerre Mondiale. Incarnant Mason, le joueur assiste tout au long des missions à des scènes parallèles au présent, traduisant les instants où tout aurait dû basculer.

Une de ces séquences se déroule au cœur du Pentagone, lorsque Hudson et Mason, accompagné du Ministre de la Défense McNamara, rencontrent le Président américain de l'époque, John Fitzgerald Kennedy. Un président assassiné dans la réalité le 22 Novembre 1963. Or, 13 jours auparavant, le 10 Novembre, le président est déjà la cible d'un attentat.

Durant le bref entretien qu'il a avec le Président, Mason entend les nombres résonner dans sa tête, puis s'imagine brutalement saisir un pistolet posé sur la table et le pointer sur la tête de Kennedy. Rien ne se passe finalement.

La mission " GOS ", qui débute le 21 janvier 1968, est la première réapparition de Mason depuis l’assassinat du Président. Lors de la cinématique qui précède cette mission, on aperçoit très furtivement une photo de Lee Harvey Oswald. Cet homme est le présumé assassin de JFK, sa culpabilité n’ayant jamais été prouvée.

Pourquoi trouve-t-on une photo de cet homme dans la cinématique alors que la mission qui suit, au Vietnam, n'a aucun lien avec cet événement ? C’est certainement une indication pour nous faire comprendre que les agissements de Mason pendant la période de silence radio ne sont pas sans rapport avec la mort du Président américain.

Durant la mission "Révélations", Mason entend une série de nombres interceptée et enregistrée par la CIA. Il semble alors la décoder : "Rejoignez... la... cible... Oswald compromis...". Oswald, étrange référence à l'assassin présumé, censé être le tireur qui devait abattre Kennedy. Probablement repéré ou arrêté, les Russes auraient alors ordonné à Mason de le remplacer et donc de rejoindre la cible qu'était le Président.

Hypothétiquement, nous pouvons donc parler d'une sorte de conspiration très bien organisée dont Mason était le joker. Il aurait donc tué le Président a la place d'Oswald et, la CIA l’ayant découvert, aurait préféré faire passer Lee Harvey Oswald pour l’assassin plutôt que de révéler au monde entier qu’un agent de la CIA aurait assassiné son propre Président.

Si l'on regarde plus loin, Kennedy pourrait être un simple "pion", les intérêts de la nation (la course à la conquête spatiale ou plus largement, la surveillance de l'URSS, potentielle menace à l'époque) passant avant tout, et notamment d'un scandale autour des institutions garantes de la sécurité du pays.

Une hypothèse qui pourrait se confirmer à la vue de la dernière mission, lorsque Mason parvient à maîtriser Dragovich. Alors qu’il est sur le point de le noyer, il lui dit : "T’as essayé de me faire assassiner le Président !". Dragovitch ricane lui répondant : " Essayé ? Es-tu sûr de ne pas l’avoir fait ?". Une ultime réflexion corroborée par l'image de la fin du jeu, présentant Mason mêlé à la foule Texane se pressant autour du président Kennedy à sa descente d'avion.

C’est d’ailleurs dans ce film de clôture du jeu que d’autres indices s’ajoutent : une femme récite une suite de nombres, eux-mêmes compris par Mason : "Six point five millimeters", soit le calibre du fusil de précision italien Carcano qui a abattu Kennedy, "Eleven twenty-two" et "Texas", soit la date et le lieu de la mort de Kennedy : le 22/11, à Dallas au Texas.

Mais il existe quelques autres indices, mieux cachés ceux-ci. Depuis le menu principal, il est en effet possible d’accéder à un ordinateur situé dans la salle d’interrogatoire où se trouve Mason. A partir de ce terminal, on peut se connecter aux comptes de certaines personnes liées à la CIA, réelles ou fictives, et ainsi accéder à des e-mails et documents troublants…

Sur le compte d’une certaine Dr. Adrienne Smith, on peut lire la biographie de Mason et on y apprend qu'il est un "excellent sniper". Or John F. Kennedy aurait été tué par un tireur embusqué utilisant un fusil de précision. Mason avait parfaitement la capacité d’atteindre sa cible depuis le dépôt de livres d’où on suppose que les coups de feu ont été tirés.

Sur le compte de Jason Hudson, on trouve un e-mail qui lui a été adressé par un certain John Trent. Il a été envoyé le 23 novembre 1963, soit le lendemain de la mort de Kennedy. Le sujet de ce message est "Now you understand", en français "Maintenant vous comprenez". Voici le contenu : "It was by the hand of Dragovitch. This is just the beginnig. They are everywhere. Start at Vorkuta. Two escaped the breakout. You know one of them. The other one just died."

C'est la première partie du mail la plus intéressante, vu qu'il est fort probable (étant donné la date du message) qu'elle parle de l'assassinat de Kennedy : "C'était par la main de Dragovich. Ce n’est que le début. Ils sont partout". John Trent veut surement dire par là que Mason a tué Kennedy, parce qu'il était programmé et guidé par Dragovitch. La deuxième partie du mail faisant référence à Vorkouta, on est donc sûr qu’il s’agit d’Alex Mason et non d’un quelconque agent dormant installé aux Etats-Unis. Elle dit : "Ça a commencé à Vorkuta. Deux se sont échappés. Vous connaissez l'un d'eux. L'autre est mort." John Trent parlant bien évidemment de Mason ET Reznov.

Il existe un autre message troublant, qui n’implique pas forcément Mason, mais qui ajoute un autre mystère. Ce message se trouve sur le compte du Président Kennedy. Il s’agit d’un mail datant du 21 novembre 1963 (la veille de sa mort) et est envoyé par John Trent, avec comme intitulé "You have one day left", soit "Il vous reste un jour". Le contenu est "Victory cannot be achieved without sacrifice." En français : "Il n'y a pas de victoire sans sacrifice.".

Kennedy était-il au courant de son assassinat imminent ? S'est-il sacrifié ? Si oui, pourquoi ? Le gouvernement américain pensait-il qu'en laissant les Russes mener leurs plans à bien, ceux-ci viendraient à commettre une erreur qui guiderait la CIA au cœur du "Projet Nova" et donc vers la victoire ? L’idée que la confiance du peuple dans ses organismes de sécurité devait être conservée, peu importe le prix à payer, fait en tout cas son chemin.

Malgré tous les indices laissés par Treyarch dans la campagne comme dans l’ordinateur, la culpabilité de Mason dans l’affaire du meurtre de John Fitzgerald Kennedy n’est clairement pas démontrée. Le mystère n’est donc toujours pas résolu. Le sera-t-il seulement ?